Cytoscape

　　Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用Cytoscape软件本身的编辑器模块直接构建网络，操作方式便捷。

　　功能介绍:

　　1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

　　2、支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息

　　3、绘制参数、从统计信息生成样式

　　4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息

　　5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数

　　6、明亮的颜色映射标准 ameters、暗色映射标准 ameters、中间颜色映射标准 ameters

　　7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 网络浏览器

　　8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件

　　9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数

　　10、Cytoscape 的快速游览、创建网络、嵌套网络

　　11、支持的网络文件格式、节点和边列数据

　　12、风格、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

　　13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自动化

Cytoscape软件特色

　　Cytoscape使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

　　节点和边缘列数据

　　交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

　　Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的。

　　如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。

Cytoscape安装步骤

　　下载本站安装包，双击运行后，跟随安装向导走，稍等片刻即可完成安装。

Cytoscape使用方法

　　Abs -返回一个数字的绝对值。

　　ACos -返回一个数字的反余弦值。

　　反正弦-返回一个数字的反正弦值。

　　返回两个数字x和y的反正切。

　　平均值——返回一组数字的平均值。

　　Cos -返回弧度中给定的角的余弦值。

　　返回其参数的双曲正弦值。

　　计数——返回列表中数字值的数量。

　　度——返回其参数从弧度转换为度。

　　Exp -返回提高到指定数字的e。

　　Ln -返回一个数字的自然对数。

　　Log -返回一个数字到指定基数的对数。

　　Max -返回一组数字的最大值。

　　中位数——返回数字列表的中位数。

　　最小值——返回一组数字的最小值。

　　Mod -计算一个数字的模量。

　　返回p值的近似值。

　　弧度-返回从度转换为弧度的参数。

　　将一个数字四舍五入到指定的小数位数。

　　Sin -返回以弧度表示的角的正弦值。

　　Sinh -返回其参数的双曲正弦。

　　根号——计算一个数字的平方根。

　　Tan -返回其参数的Tan值。

　　Tanh -返回其参数在弧度内的双曲正切。

　　Trunc -截断一个数字。

　　字符串函数

　　连接-连接两个或多个文本。

　　Left -返回一个s字符串的前缀。

　　Len -返回字符串的长度。

　　将一个字符串转换为小写字母。

　　选择某个文本的子字符串。

　　返回字符串的后缀。

　　替换——用其他文本替换某些文本。

　　文本——使用Java DecimalFormat类的约定来格式化数字。

　　将字符串转换为大写。

　　值——将字符串转换为数字。

　　逻辑/布尔函数

　　返回任意数量布尔值的逻辑连接。

　　Not -返回布尔值的逻辑否定。

　　返回任意数量布尔值的逻辑分离。

　　列表功能

　　First -返回列表中的第一个条目。

　　最后-返回列表中的最后一个条目。

　　返回列表中的第n项。

　　统计功能

　　最大-列表中第k个最大的值。

　　土地族——一组数字的几何平均值。

　　HarMean——一组数字的调和平均值。

　　模式——一组数字的模式。

　　返回正态分布的pdf或CDF。

　　Permut——返回给定数量的对象的排列数。

　　标准偏差样本。

　　Var -样本方差。

　　各种各样的功能

　　返回给定数量的对象的组合数。

　　If -返回基于布尔值的两个选项之一。

　　返回列表的字符串表示形式。

　　现在-返回当前日期和时间的字符串表示形式。

　　返回当前日期的字符串表示形式。